Pourtant, le potager connut alors une longue période d'incertitude. Il fut déclaré "très susceptible de location, soit en partie, soit en totalité", par le directoire du district de Versailles, en 1793. Devant la réduction drastique de ses gages, le directeur du potager, Gondouin démissionna et le potager fut loué en huit parcelles à des particuliers, après la dispersion aux enchères des outils et des plantes, dont les huit cents ananas. Le jardin biais, lui, fut transformé en banc d'essai pour les armes fabriquées au Grand Commun.
Ce moment marqua la première tentative d'utiliser le Potager comme un lieu pédagogique. La Convention crée en effet, en 1795, un "Institut national chargé de recueillir les découvertes et de perfectionner les arts et les sciences", avec une école centrale par département. Antoine Richard, botaniste réputé, est chargé en 1798 d'installer au potager le jardin expérimental de l'Ecole de Versailles. Le premier élément sera formé des collections végétales amassées à Trianon avec son père, inaugurées par de grands savants, dont Bernard de Jussieu. Les locataires sont expulsés.

Retour à la production de fruits et légumes

Cependant, le Potager revient au domaine de la Couronne avec la fin de la République. Il retourne à sa destination première, la production. Richard est expulsé, et le comte Lelieur, "directeur des parcs, pépinières, et jardins de la Couronne", prend possession du Potager, déplorant l'état lamentable dans lequel les années de location l'ont laissé.